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Unsere Geschichte beginnt als Link noch Lokomotivführerlehrling war und es dauert nicht lange, bis er selbst hinter das Steuer einer Lokomotive steigt und das Land durchquert. Die Gleise führen ihn an viele entfernte Orte und je mehr Gleise Sie freischalten, desto weiter kann er seine Mission fortsetzen, die Schienen der Götter im Land von Hyrule wiederherzustellen.
Ein neuer Tag bricht an und der junge Lehrling Link macht sich auf den Weg zur Abschlussfeier für angehende Lokomotivführer in Schloss Hyrule. Während der Feierlichkeiten nimmt ihn die bezaubernde Prinzessin Zelda zur Seite und gibt ihm eine geheime Karte mit Wegweisern zu ihren privaten Gemächern. Link schleicht sich an den Wachen vorbei zu Zeldas Gemach, wo sie ihm schlechte Nachrichten überbringt - die Schienen der Götter verschwinden langsam! Die Prinzessin bittet Link, ihr bei der Flucht aus dem Schloss zu helfen und sie zum Turm der Götter zu bringen, damit sie die weise Shiene treffen kann.
Das mutige Gespann schafft es zu Links Zug, doch lauern ihnen einige Bösewichte auf, die Zelda angreifen und ihren Körper forttragen! Glücklicherweise schafft es ihr Geist zu entkommen, und in dieser Gestalt begleitet sie Link zum Turm, wo ihnen Shiene verrät, dass der finstere Dämonenkönig langsam aus seiner Gefangenschaft ausbricht und schon bald das Land plagen könnte.
Findet Link die verschwundenen Schienen der Götter noch rechtzeitig, um das Böse zu verhindern? Schafft er es, Zeldas Geist mit ihrem Körper wieder zu verbinden? Nur ein wahrhaftig mutiger Held ist einer solchen Aufgabe gewachsen!